上記の動作、仕様である可能性が高いですが、もしかしたら修正されるかもしれませんので、開発元へ報告いたしました。
ちなみに、サブアプリ内にあるボタンオブジェクトをクリックしてフレーム移動すると、Alt+F4による終了などのキーボードショートカットが動作しなくなってしまいますのでご注意ください(前フレームでのボタンにフォーカスが移ったままになっているのが原因)。
移動先のフレームで再度ボタンやリストオブジェクトをクリックさせてフォーカスを戻すか、親フレーム(サブアプリを置いているフレーム)にて、リストオブジェクトの『コントロール』→『フォーカス解除』が実行される必要があります。
ボタンオブジェクトを使用せず、アクティブオブジェクトをボタン代わりにして組めば、ボタンにキーボードフォーカスが移るという事はそもそも発生しないので回避することが出来ます。