はじめまして。
自分も今作ってるゲームで同じ問題で悩まされてます。
一応、「表示だけ」なら何とかする方法ならあります。
カウンターのプロパティの設定のところにある
浮動小数点値の「有効数字の数」と「小数点以下の桁数」にチェックを入れて
「小数点以下の桁数」の数字を変えれば(0.01と表示させる場合は2)
ブラウザ上でもちゃんと表示されます。
ただ、前述の通り表示だけなのかもしれないので
そこだけは気を付けてください(汗)
あと、スコアオブジェクトでも同様の現象が起こります。
スコアの方には浮動小数点値の設定ができないのでご注意を・・・。