アプリケーションの動作をフレームベースで作成した場合、端末の性能が低く、アプリに設定されたフレームレートが出せない(60FPS基準で作成されたアプリなのに50FPSしか出ない)と、その分スローな動作になりますので、タイミングが重要なゲームについては有利になってしまいます。
タイマーベースで構築すれば実時間によって動きますのでスペックによるタイミングの違いは少なくなります。ただし、CFでは全ての処理をタイマーベースで組むことは不可能なので、実質フレームベースで組まざるを得ません。
処理を軽くするポイントとしては以下のようなものがあります。
・画面内に存在するオブジェクト数を減らす
・ループ処理(高速ループ・ForEachループ)を極力使わない
・常に実行されるようなイベントを、条件を工夫して必要な時だけ実行されるようにする
『マシン速度に依存しない』にチェックを入れると、処理落ちが発生した際にフレームを間引きして動作の滑らかさと引き換えにフレームレートを稼ぎます。処理を軽くする効果はありますが、限度がありますので、基本は内部の組み方の工夫で対応するべきで、このオプションは最終手段と考えてください。