サブアプリが親アプリのウィンドウに埋め込まれて実行される場合ではマウスホイール回転条件が判定されないようです。サブアプリのプロパティにてポップアップウィンドウに設定して実行し、サブアプリのウィンドウ側がアクティブな状態になると動作します(タイトルバーにもチェックを入れると判りやすいです)。
既に下記にて開発元のバグボックスへ報告が上がっていますが、返答はついていません。
現状ではマウスホイール操作を必要とするイベントをメイン側に設定し、メインからサブへグローバル変数を送って動かすことになるでしょうか。
– Bug/Issue Reports #2200: Mouse Wheel Doe Not Work For Sub-Frames – Fusion 2.5 – Clickteam Bug Tracker System
http://bugbox.clickteam.com/issues/2200